Schipperken härstammar från Belgien och Flandern. Belgiska kynologer hävdar att schipperken härstammar från en gammal vallhundsras ”leuvenaar”, som funnits i provinsen Brabant. Dessa svarta vargliknande vallhundar fanns i många olika storlekar. De ägdes vanligtvis av enkelt folk, som använde dem till sysslor som passade deras storlek. De största var vallhundar från vilka våra moderna belgiska vallhundar härstammar. De minsta var gässvallare, råttfångare och gårdvar. Dessa sistnämnda blev schipperkens anfäder.

Rasen omnämndes på 1400-talet, då munken Wencelas omtalade att handelsmännen i Bryssel hade svanslösa hundar i husen. Under lång tid var
schipperken den i stort sett enda förekommande hunden hos gemene man i Belgien. Rasen har också ett förflutet som vakthund och råttfångare på de belgiska och holländska kanalbåtarna.

År 1888 bildades den första officiella belgiska rasklubben för schipperken och rasens första egentliga standard fastställdes. 1882 hade den kungliga belgiska kennelklubben St. Hubert fastställt standarden för de belgiska raserna och schipperken skrevs in som ”världens minsta vallhund, svart med kuperad svans”.

Schipperken var nu registrerad som en av de belgiska vallhundarna. Namnet
schipperke kommer från det flamländska ordet för fåraherde ”scheper”.
Schipperke betyder helt enkelt ”liten vallhund”.